Kalcyt jest szeroko rozpowszechniony w przyrodzie.
W płytkich morzach lub jeziorach często osadza się, tworząc rozległe warstwy wapienia.
Wody gruntowe mogą rozpuszczać wapień, a także reformować kalcyt, taki jak stalaktyty, stalagmity i trawertyn. Wody gruntowe aktywne w glebie w pobliżu zwierciadła wody często tworzą grudki kalcytu rozmieszczone w określonej płaszczyźnie poziomej; geolodzy powszechnie nazywają je guzkami wapiennymi.
Aktywność hydrotermalna często tworzy żyły kalcytowe, niektóre zawierające minerały, inne nie. W geodach często można znaleźć dobrze-uformowane kryształy.
W węglanach powstałych w wyniku działalności magmowej kalcyt zazwyczaj stanowi około 80%.
Ponadto kalcyt działa również jako cement w klastycznych skałach osadowych i jako minerał powstający w wyniku przemian podstawowych skał magmowych, przyczyniając się do powstania różnych skał. W wyniku działalności wód gruntowych żyły kalcytu często wypełniają szczeliny różnych skał.
Wapień powstały w wyniku sedymentacji często ulega metamorfizmowi regionalnemu lub kontaktowemu, podczas którego zawarty w nim kalcyt rekrystalizuje, tworząc grubsze agregaty kalcytu-marmur.
